株式の譲渡益は申告分離課税なので、ほかの所得と分けて申告する。
一般口座で取引した場合は、自分で取引記録などから損益を計算して申告するが、特定口座での取引ならば、１月末頃までに証券会社から譲渡損益が記載された「年間取引報告書」が届くので、さほど手間はかからない。
また、源泉徴収がある特定口座での取引で損益が発生した場合なら、原則として確定申告は不要だが、申告をしたほうが“お得”なケースもある。
たとえば、一般口座および源泉徴収のない特定口座と源泉徴収のある特定口座、あるいは複数の金融機関の源泉徴収がある特定口座で取引があり、複数で売却益と売却損が生じた口座がある場合、損益通算して申告すれば税額を減らすこともできる。
また、源泉徴収のある特定口座での売却損について、３年間の繰越控除を適用する場合も確定申告が必要になる。
