東京証券取引所における新株予約権の上場基準が改正されたことで、平成２１年１２月３０日以降、上場株式１株未満の新株予約権の上場が可能となった。
これまで新株予約権の行使により得た端数金の税務処理については指針が存在していなかったことから、日本証券業協会が国税庁に対して照会。
これにより、端数金の税務上の取り扱いが明確化された。
国税庁の文書回答によると、新株予約権の割り当てには、発行法人からの資産移転や既存株主間の経済的価値の移転がないことから、無償で割り当てられた新株予約権、有償で取得した新株予約権のいずれにおいても、「課税関係が生じることはない」としている。
この場合、新株予約権の取得価額は、無償で得た新株予約権についてはゼロ円、有償で取得したものについては、新株予約権の購入代価に購入手数料、そのほかの費用を加算した金額となることが明示されている。
新株予約権の取得には課税関係が生じないが、権利行使時には課税関係が生じることになる。
新株予約権を行使することにより、１株未満の端数株式の交付を受けた場合は、いったん端数部分の株式が権利者に交付され、直ちに発行法人がそれを買い取り、株式の市場価格に相当する金額が支払われることになる。
これはつまり、株式の交付を受けた権利者が一度取得した株式を譲渡していることにほかならないため、権利者が個人の場合には譲渡所得が、法人の場合には譲渡損益が発生するとしている。
★株主に無償で割り当てられた上場新株予約権の行使により交付される端数金等の税務上の取扱いについて（照会）
